| Обгрунтування методології наукового пізнання філософи Нового часу шукають у заальнофілософських (метафізичних) засадах осмислення буття. На цій основі розробляється ще одна важлива проблема, фундаментальна категорія філософії Нового часу – субстанція як сутність буття. Якщо Б.Паскаль, обґрунтовуючи засадні принципи своєї методології пізнання, звертається до світоглядного осмислення людського буття, то переважна більшість його сучасників ці принципи шукають у сутності буття взагалі, зафіксованій у категорії субстанції. Субстанція — це істинне, суттєве, самодостатнє, самопричинне буття, яке породжує всю багатоманітність світу. Субстанцію як Єдине, яка розумілась в епоху Відродження органічною і гармонійною єдністю духовного і природного, філософи Нового часу намагаються переосмислити та конкретизувати через призму нових досягнень наукового пізнання. Одним з перших таку спробу зробив Р.Декарт, роз'єднавши Єдине на дві самостійні субстанції: при-роду, матерію, способом буття якої є механічний рух, а атрибутом — протяжність та мислення. Для Декарта природа — це величезний механізм, вся якісна багатоманітність якого зведена ним до кількісно визначених механічних відношень, а всі закономірності — до законів механіки. Друга самостійна субстанція — особлива, духовна — мис-лення. Декарт вважає, що матерія мислити не може, а між тим, мислення існує без сумніву і з самоочевидністю, отже, має існувати і відповідна субстанція. В підході до проблеми субстанції філософія Декарта має дуалістичний характер, складається з матеріалістичної фізики як вчення про матеріальну протяжну субстанцію та ідеалістичної психології як вчення про духовну мислячу субстанцію. Зв'язуючою ланкою між цими двома незалежними самостійними субстанціями є Бог, який вносить у природу рух і забезпечує інваріантність усіх її законів.
| 
